Gaara, que entabló con Naruto una profunda amistad a raíz de los sucesos de dos años atrás, se ha convertido en el Kazekage de su aldea. Además, dado que es un jinchūriki, ha atraído la atención de Akatsuki . Por este motivo, Sasori y Deidara llegan a la aldea oculta de la arena, y se infiltran en ella gracias a la ayuda de uno de los ciudadanos que estaba bajo el control de Sasori. Deidara emprende una infiltración que termina cuando lo descubre Gaara, quien se las ingenia para penetrar la defensa total de Gaara, poniendo en riesgo a la aldea al utilizar sus explosivos. Finalmente, Gaara es capturado por la organización Akatsuki, que pretende extraer el monstruo de su interior, el Shukaku. Sasori y Deidara escapan por el desierto, mientras que Kankuro se precipita y decide perseguirlos. Al alcanzarlos se enfrenta a Sasori, y descubre sus nexos con la aldea de la arena y es derrotado por su enemigo, pues ninguna de sus técnicas de marionetas sirven contra Sasori, ya que él es quien inventó dichas marionetas y conoce a la perfección todos sus movimientos y técnicas.
Kankuro es encontrado inconciente en el desierto, y es llevado de vuelta a la aldea. Baki, el antiguo sensei de Gaara, va a solicitar la ayuda de los ancianos de la aldea, después de escuchar del mismo Kankuro que se trataba de Sasori. Chiyo y Ebizō, identificados como "los hermanos", aceptan ayudar, y la anciana trata de crear un antídoto para el veneno que Sasori le inyectó a Kankuro, pero después de varios intentos se da cuenta de que no puede hacerlo.
La aldea de la arena solicita la ayuda de Konoha, y la Hokage envía al equipo Kakashi: Kakashi, Naruto y Sakura. En el camino se encuentran con Temari a quien le cuentan lo ocurrido. Al llegar a la aldea de la arena, Sakura muestra lo mucho que ha aprendido de Tsunade, y salva a Kankuro al crear un antídoto efectivo. Tras ello Kakashi, con la ayuda de Pakkun, rastrea la localización de Gaara y parten con Naruto, Sakura y la anciana Chiyo, abuela de Sasori.
En el camino a la cueva donde le están extrayendo el Biju a Gaara, el equipo Kakashi se encuentra con un clon de Itachi y deben derrotarle para poder continuar, por otra parte el equipo de Maito Gai (enviado como refuerzo por la quinta Hokage) se enfrenta a un clon de Kisame compañero de Itachi y miembro de Akatsuki . Una vez que derrotan a sus enemigos, deben romper cinco sellos para abrir la entrada de la cueva. Los miembros del Equipo Gai se movilizan a donde están los otros cuatro, y al quitar los sellos caen en una trampa de Akatsuki , pues aparecen copias exactas de ellos mismos, con su misma fuerza, y deben pelear contra ellos.
Una vez que el equipo Kakashi entra en la cueva, se divide en dos: Naruto y Kakashi van detrás de Deidara mientras que Sakura y Chiyo se enfrentan a Sasori. La pelea inicia cuando Chiyo utiliza a Sakura como marioneta, para atacar a Sasori, quien está dentro de su marioneta favorita (Hiruko). Sakura usa su gran fuerza y rompe la marioneta, obligando a Sasori a revelar su rostro. Chiyo se sorprende grandemente al ver que Sasori no ha envejecido, y este les revela que ha convertido su cuerpo en una marioneta para así no envejecer.
Sasori utiliza como segunda marioneta al Tercer Kazekage, quien había desaparecido 20 años atrás misteriosamente. La abuela utiliza las dos primeras creaciones de Sasori, las marionetas "Padre" y "Madre", que son físicamente parecidos a los padres de Sasori, y tras una feroz lucha quedan empatados. En eso, Sasori utiliza la técnica secreta del Kazekage conocida como la "Satetsu", o arena de hierro, y toma el control del combate. Sakura es vuelta a utilizar como marioneta, pero esta vez ya comienza a analizar los movimientos de Sasori, y logra esquivar los ataques, y tras engañar a Sasori al fingir que ha sido mortalmente herida, logra destruir la marioneta del Kazekage de un solo golpe.
Como tercer marioneta, Sasori se utiliza a sí mismo, mientras la abuela Chiyo solo cuenta con Sakura. El renegado usa diversas armas, como lanzallamas, cañones de agua y un cable con un arpón envenenado, el cual lo atrapa Sakura cuando Sasori la atacó. Sakura logra jalar a Sasori del cable a su lado para destruirlo, pero se autorreconstruye. La abuela, en la batalla final, utiliza una técnica con la que invoca a "Las Diez Marionetas de Chikamatsu", y Sasori a su colección particular de 100 marionetas. En el combate se prueba la cantidad contra la calidad, al ser destruidas la mayoría de las marionetas de Sasori entre Sakura y el poder conjunto de las diez marionetas de Chiyo. Finalmente, Sakura arroja el orbe de chakra de "Las Diez Marionetas de Chikamatsu" contra Sasori, quien resulta aprisionado y le es absorbido el chakra, pero éste logra zafarse usando el cuerpo de otra de sus marionetas y ataca a la abuela Chiyo por la espalda. Sakura se interpone y es gravemente herida por una katana envenenada, pero es salvada por una milagrosa técnica de Chiyo capaz de revivir a la gente en cambio de su propia vida (sin embargo Sakura no estaba muerta por lo tanto Chiyo no muere tras hacer esta técnica).
Luego Sasori ataca a Chiyo con una daga, pero la abuela utiliza a los padres de Sasori y éstos atraviesan su corazón. Al verse derrotado, Sasori responde a Sakura una pregunta que le hizo anteriormente sobre el paradero de Orochimaru, ya que este fue su compañero cuando era miembro de Akatsuki, y le dice que se iba a encontrar con un espía suyo que lo mantenía informado sobre Orochimaru, en El Puente del Cielo y de la Tierra, y al decir esto finalmente muere. La abuela Chiyo se dio cuenta de que Sasori podía haber esquivado su ataque, pero no lo hizo.
Mientras tanto,
Gai,
Lee,
Tenten y
Neji vencen a sus respectivos clones y
Kakashi y
Naruto persiguen a
Deidara para rescatar a
Gaara. Al descubrir que
Gaara ha muerto a causa de la extracción del
Bijū, Naruto pierde la calma y comienza a liberar las "colas" del
Kyuubi pero Kakashi lo detiene gracias a una especie de carta que le dio
Jiraiya para que el chakra del Kyuubi dejara de salir.
Deidara logra escapar, pero sin brazos, ya que Gaara como Kakashi logran arrancarle un brazo cada uno. Naruto y Kakashi logran recuperar el cuerpo de Gaara. Luego de esto, Zetzu va en busca del anillo de Sasori, acompañado por
Tobi. Al recuperarlo también van en busca del anillo de Deidara, pues lo suponen muerto, sin embargo este aparece y recupera su brazo.
Chiyo decide usar su técnica prohibida con la cual resucita a
Gaara a cambio de su propia vida. Junto con la ayuda del chakra de Naruto realiza la técnica y muere. Como último deseo pide a Naruto que salve a Gaara, porque nadie más comprende su dolor como él, y también pide por un futuro distinto entre la Aldea de la Arena y de la Hoja.
