Tsunade forma el equipo en busca de Itachi formado por Naruto, Sakura, Yamato, Sai, Kakashi, Shino, Hinata, Kiba y Akamaru.
Mientras tanto, Deidara decide ir tras Sasuke junto a Tobi antes de ir por el Kyūbi. El Uchiha los localiza y Deidara inicia el combate usando su arcilla explosiva. Sasuke consigue esquivar la mayor parte de los ataques, aunque a costa de liberar su sello maldito en segundo nivel. Deidara queda atrapado por varios genjutsu y finalmente pierde la batalla. Esto lo llena de ira y activa su bomba C4, bombas de nivel celular que pueden introducirse en el cuerpo y deshacerlo desde dentro. Deidara cree haber terminado con Sasuke, pero queda atrapado en un nuevo genjutsu y es atacado por detrás con un Chidori, aunque se revela que en realidad era un clon de arcilla. Deidara lanza un nuevo C4, pero Sasuke, que esta vez no lo puede esquivar, consigue evadirlo al neutralizar las diminutas bombas con electricidad, que hace recorrer todo su cuerpo mediante un Chidori.
Como último recurso, Deidara revela una cuarta boca (además de la suya y las de sus manos) ubicada en su pecho, con la que engulle una gran cantidad de arcilla, que provoca que él mismo explote en una colosal autodestrucción con la que espera destrozar a Sasuke. Sin embargo, éste consigue invocar a Manda y usar a la gran serpiente como escudo, lo cual le permite escapar, aunque la invocación personal de Orochimaru muere maldiciendo al uchiha por haberlo utilizado como escudo contra la terrible exploción y haberlo manipulado con genjutsu. Sasuke y su equipo se marchan a descansar tras esto.
Tras la muerte de Deidara, el chakra de Sasuke se deja de sentir, por lo que los miembros de Akatsuki lo dan por muerto. Los de Konoha llegan al lugar de la explosión causada por la bomba final de Deidara y los perros de Kakashi y Kiba les indican que el olor de Sasuke sigue fresco.
Sasuke decide que deben ir ya a por Itachi. Naruto utiliza su Kage Bunshin no jutsu para poder cubrir más terreno. Un bunshin de Itachi se encuentra con uno de los de Naruto, el bunshin de Itachi le da "parte de su poder" en forma de ave que introduce por la boca a Naruto al escuchar las razones por la cual este busca a Sasuke. Otro se cruza con Sasuke y le cita a su batalla final en el escondite de los Uchiha. Kabuto se presenta ante Naruto, Hinata y Yamato y les dice que ha implantado parte del cuerpo de Orochimaru en sí mismo, y que éste está tomando el control lentamente.[46] [48] [49]
Pain, líder de Akatsuki, se encuentra en la Aldea Oculta de la Lluvia junto a su compañera Konan. Allí, Tobi, que se revela a sí mismo como Madara Uchiha y verdadero lider de Akatsuki al darle órdenes a Pain, le encomienda capturar al Kyūbi.
En Konoha, Jiraiya se presenta ante Tsunade y le explica que va a ir a luchar contra Pain, puesto que ya sabe su localización. Antes de marchar, los dos tienen una conversación en la que se revela que los padres de Naruto son Minato Namikaze, cuarto Hokage y Kushina Uzumaki (originaria del pais del Remolino). Después de recordar esto junto a Tsunade, Jiraiya se marcha.
Tras infiltrarse con éxito en la Aldea de la Lluvia, Jiraiya captura a dos ninjas de bajo rango, de los que consigue sacar cierta información, referente a la subida al poder de Pain tras haber derrotado al anterior líder, Salamandra Hanzō (que fue quien les dio el título de sannin a Jiraiya, Tsunade y Orochimaru)
Jiraiya va en busca de Pain, pero Konan se da cuenta de su presencia y lo intercepta, lo cual trae al sannin recuerdos de cómo conoció a ésta y a sus dos compañeros, Nagato y Yahiko cuando eran niños, y los entrenó. Entonces, Pain aparece ante él en un cuerpo hasta entonces desconocido, pero distinto al que se había mostrado anteriormente. Éste empieza a invocar distintos animales gigantes, contra los que Jiraiya debe luchar. Durante esta pelea, Pain revela que quiere capturar a todos los Bijū para crear una nueva técnica que le permitirá destruir países enteros. Jiraiya invoca a dos ancianos sapos que le permiten realizar una técnica mediante la cual entra en modo ermitaño, que le otorga mayor poder, además de poder realizar el Chō Odama Rasengan. Uno de los cuerpos en que se manifiesta Pain absorbe el Rasengan, por lo que tiene que retirarse a pensar una nueva estrategia, puesto que los tres cuerpos que están actuando a la vez permiten que Pain no tenga punto ciego.
Jiraiya decide utilizar un poderoso genjutsu que realizan los dos sapos croando. Éste funciona, y Jiraiya parece haber ganado, pero aparecen tres cuerpos más de Pain, que revela que en realidad son seis, decantando la batalla en su propio favor. Pain revela que todos ellos son Pain, y Jiraiya reconoce en todos ellos a ninjas que ya ha visto antes, entre ellos a Yahiko.
Jiraiya, que queda malherido tras el ataque de Pain, empieza a recordar fragmentos de su vida y acaba pensando en Yondaime y su esposa, en cómo estos decidieron llamar Naruto a su hijo debido al heroico protagonista de una de sus novelas. A la vez, comprende la verdadera naturaleza de Pain, que anota en un mensaje cifrado en uno de los dos sapos, el cual marcha hacia Tsunade. Jiraiya es finalmente derrotado y lanzado al agua donde con su último aliento piensa que su siguiente libro se llamará La historia de Naruto Uzumaki.
Simultáneamente, Sasuke y su grupo se acerca al lugar donde se ha de encontrar con Itachi, y Kisame aparece y obliga a sus acompañantes a quedarse atrás. Suigetsu decide iniciar una lucha contra Kisame para conseguir su espada Samehada. Además, el grupo de Naruto se encuentra con Tobi, a quien inicialmente no le dan importancia, aunque más tarde descubren que el Rasengan de Naruto no puede herirlo. Sasuke llega ante Itachi, en la sala principal de la guarida de los Uchiha.[49] [50] [51]
Sasuke e Itachi comienzan su pelea mediante una sucesión de genjutsu que culmina con Itachi usando su Tsukuyomi. En este momento se revela que Itachi desea sustituir sus ojos, debilitados por el uso continuado del Mangekyō Sharingan, por los de Sasuke, lo cual no sólo le permitirá sobrevivir, sino también alcanzar el siguiente nivel en la evolución de la técnica de su clan y la inmortalidad, que hasta entonces sólo Madara Uchiha, cuya historia también relata, había conseguido. Zetsu muestra que está observando el combate a escondidas, esperando ver las técnicas de Itachi. Éste mató a todo el clan para forzar a Sasuke a alcanzar el Mangekyō y así poder servirse de él. Cuando parece que Itachi, dentro del genjutsu, va a arrancar los ojos de su hermano, éste logra deshacer la ilusión, neutralizando el ojo izquierdo de Itachi, e inutilizando Tsukuyomi.
La pelea continúa entonces mediante Ninjutsu, en la que ambos usan desde kunai y shuriken hasta técnicas ninja como el Katon: Gōkakyū no jutsu. La batalla se traslada al techo del edificio, donde Sasuke ataca a su hermano con una gran bola de fuego, que sin embargo es neutralizada mediante otra técnica exclusiva del Mangekyō Sharingan, Amaterasu, unas llamas negras que consumen incluso el fuego de Sasuke. Éste logra esquivarlo gracias a una técnica de reemplazo aprendida de Orochimaru, y ambos confiesan estar ya sin chakra.
Sasuke realiza un Katon: Gōryūka no jutsu, que quema en parte a Itachi, aunque después sigue su lanzamiento hacia el cielo, aparentemente perdido. Estos dragones provocan la aparición de nubes de tormenta, de las cuales se sirve Sasuke para descargar un rayo sobre Itachi, la técnica que él llama Kirin. Agotado y ya sin chakra, éste cree que ha vencido, pero Itachi ha conseguido protegerse mediante la tercera técnica del Mangekyō, Susanō, una armadura gigante en forma de monje.
Sasuke escucha la voz de Orochimaru, al que ahora que se ha quedado sin chakra, ya no puede neutralizar, así que éste se manifiesta haciendo surgir del cuerpo de Sasuke una especie de gran hidra con cabezas de serpiente. De una de éstas aparece el propio Orochimaru, dispuesto a conseguir el cuerpo de Itachi ahora que éste está debilitado. Sin embargo, el monje de Susanō atraviesa su cuerpo con una espada espiritual con la capacidad de sellar cualquier cosa en un genjutsu eterno, acabando entonces con Orochimaru, y extrayéndolo del cuerpo de su hermano. Sasuke carece por completo de chakra, Itachi anula a Susanō y se encamina hacia su hermano, preparado para conseguir los ojos de su exhausto hermano. Llega a estar delante de él, e incluso alarga su mano para extraer un ojo de Sasuke, pero en ese momento, los dedos de Itachi tocan a Sasuke en la frente como hacía cuando éste era niño, y después se desploma muerto al suelo, para asombro de Sasuke, que viendo que ha vencido se deja caer, agotado.[51] [52] La acción vuelve a la pelea de los ninjas de Konoha y Tobi, que no consiguen herirle. Shino Aburame decide entrar en acción. Shino utiliza sus insectos para extraer el chakra de Tobi pero este se escapa. Zetsu y Tobi llegan primero al lugar de pelea de los Uchiha, y se llevan los cuerpos. Los ninjas de Konoha llegan demasiado tarde.
Tobi se revela ante Sasuke como uno de los sobrevivientes del clan Uchiha; incluso le dice que sabe toda la verdad acerca de Itachi. Sorprendentemente, Tobi se quita la mascara y muestra su Sharingan. El ojo izquierdo de Sasuke se transforma en Mangekyō Sharingan y libera Amaterasu sobre Tobi. A pesar de esto Tobi aparece intacto y explica que Itachi le dejo su Amaterasu a Sasuke para matarle o quizá mantenerlo alejado de su hermano.
Tobi se revela a sí mismo como Madara Uchiha y se dispone a contarle la forma de vida del fallecido Itachi a pesar de la confusión de Sasuke, el Akatsuki afirma que Itachi siempre deseó proteger el mundo ninja, a Konoha y sobre todo, a su hermano pequeño. Madara le expone a Sasuke cuales fueron las intenciones de Itachi al implantar su amaterasu. Madara se dispone a contarle la verdadera historia del Akatsuki, la cual comienza en los principios de Konoha, cuando el enfrentamiento de los clanes Uchiha y Senju era inevitable. Los dos clanes lucharon sin parar hasta que pensaron formar entre los dos una sola Aldea y de ahí surgió Konoha, que después de proclamarse Hashirama Senju el primer Hokage, surgieron una serie de acontecimientos en los cuales el clan Uchiha estaba involucrado, a partir de ese momento comienza la verdadera historia de Itachi. Tobi le cuenta a Sasuke que los Senju y los Uchiha peleaban constantemente hasta que los senju pidieron la paz, los Uchiha aceptaron. Cuando Hashirama es proclamado Hokage, Madara Uchiha se enfada y decide rebelarse, ya que todos los sacrificios se habían perdido. Con esto se va de la villa, lucho contra el jefe de los senju en el Valle del Fin en donde perdió y se le creyó muerto. Nidaime sabia que los Uchiha no se iban a quedar pacíficos por siempre por lo que decidió darles algo de poder al mandar a crear la Policía Militar de Konoha dirigida por los Uchiha.
Con el desastre (según Tobi) natural del renacimiento del Kyubi en Konoha los miembros del consejo junto con Danzou deciden que los Uchiha eran muy peligrosos. Ahí empezó una campaña de aislamiento hacia los Uchiha, esta no era aceptada por Sandaime pero tuvo que ser cumplida ya que el ataque del Kyubi los inculpaba. Los Uchiha no soportaron la segregación por lo que decidieron organizar un golpe de estado, Los altos mandos de Konoha lo sospecharon por lo que decidieron poner a un espía dentro de la familia y quien mejor que uno de los más grandes Jounin de Konoha: Uchiha Itachi. Inicialmente Itachi era un espía de los Uchiha en ANBU comandado por el líder del clan Fugaku Uchiha sin embargo Itachi, que había vivido la Tercera Guerra Ninja con sólo 4 años y comprendía la inestabilidad que traería un Golpe de Estado, traicionó a su clan, convirtiéndose en un doble espía, cosa que culmina con la orden de asesinar a todo su clan para eliminar cualquier riesgo. Itachi se dio cuenta de que Madara Uchiha seguía vivo, infiltrado en los ANBU y dispuesto a causar una guerra y le ofreció acabar con el clan con la condición de que abandonara sus pretensiones sobre Konoha, a pesar del intento de acuerdo de Sandaime, la orden fue ejecutada. Sin embargo Itachi fue incapaz de matar a su propio hermano, amenazó a Danzō con descubrir el complot si Sasuke fuera dañado e hizo prometer a Sarutobi que no le contaría la verdad; así Itachi empujó a su hermano a una vida de cólera y odio con el fin de hacerlo fuerte y morir a sus propias manos un día, para hacerle merecedor de un nuevo poder, la confianza de Sasuke se quiebra ante esta revelación y no da crédito a lo contado por Tobi. Sasuke entonces intenta argumentar las razones por lo cual Itachi solo buscaba sus ojos, pero Madara refuta cada una de sus ideas, diciendo entre otras cosas que la razón por la cual Itachi lo había hecho llegar al límite era para que este dejara libre a Orochimaru y así acabar con él de una vez por todas (en ese momento Sasuke se da cuenta de que ya no tiene el sello maldito), que él, Sasuke, en ningún momento vio a través de la verdadera ilusión de Itachi, comenta que para Itachi nadie era más importante que Sasuke, ni sus superiores, ni su familia, ni sus amigos, porque para Itachi, la vida de Sasuke era más importante que la aldea.
Hay una cambio de escena, Sasuke aparece frente al mar y recuerda todos los momentos que paso junto a Itachi, antes de que el fuera exiliado y antes de que muriera a sus manos. Llora ante Jügo, Suigetsu, Karin y Tobi ; y dice: "Nuestro equipo ya no se llamara Hebi (Serpiente), desde ahora nos llamaremos Taka (Halcón). Taka solo tiene una meta: Destruir Konoha". Y aparece un nuevo Sharingan en los ojos de Sasuke.
