Después de haberse reencontrado, Naruto, Sai, Sakura y Yamato regresan a Konoha sin haber logrado completar su misión. Tras lo que pasó en la búsqueda de Sasuke, Sai se hace amigo de sus nuevos compañeros. Kakashi propone a Naruto un nuevo entranamiento que sólo él puede llevar a cabo gracias a la gran cantidad de chakra que tiene por su cuenta, y piden la ayuda de Yamato para controlar el chakra del Kyūbi. Éste consiste en lograr la evolución del Rasengan, usando la técnica Taju Kage Bunshin no jutsu para entrenar y conseguir experiencia a gran velocidad. Con la ayuda de Kakashi y Yamato, Naruto empieza a desarrollar una nueva versión de la técnica de Yondaime, combinando con ella el chakra de tipo de viento, que es el propio de Naruto. Este entrenamiento se muestra simultáneo al resto de la saga, pero su culminación sólo aparece al final.

Entre tanto, dos miembros de Akatsuki, Kakuzu y Hidan, aparecen. Acaban de atrapar a Yugito Nī, el jinchūriki que contiene a Nibi, además de matar al monje llamado Chiriku del Templo del Fuego, por cuya cabeza Kakuzu quiere cobrar una recompensa. Además se muestra que Deidara y Tobi, ahora un equipo dentro de Akatsuki, atrapan a Sanbi. Tsunade es informada de la captura del monje, y manda a un escuadrón para capturar a Hidan y Kakuzu,(en el que se encuentra Asuma y Shikamaru) aunque sin saber cuáles son las habilidades de estos. Cuando Kakuzu intenta cobrar la recompensa por su presa, se encuentra con Asuma, Shikamaru y dos Chunins, se inicia el combate. Hidan pide encargarse él solo de la situación, y tras un largo combate en el que muestra su técnica más destructiva, consigue matar a Asuma. Antes de morir Asuma les dedica a sus alumnos unas últimas palabras.

En Konoha Tsunade es informada de la perdida y manda que se informe del funeral a todo Konoha, mientras Naruto encuentra la forma de añadir el elemento viento a su Rasengan se le informa de la perdida. Ino, Chouji y Shikamaru se alistan para enfrentar a Hidan y Kakuzu, aunque Tsunade se opone a que el equipo de Asuma, vaya por su cuenta a por los dos miembros Akatsuki, ellos deciden ir, aunque acompañados por Kakashi. Para mandarles apoyo, Tsunade ordena a Naruto y Yamato que les sigan en menos de un día, y por tanto Naruto ha de darse prisa en acabar su técnica, aún a medias. Durante la batalla que se presenta, Kakuzu revela que su cuerpo está compuesto por hilos que unen los pedazos del mismo, y que posee varios corazones, robados a otros ninjas, que le permiten realizar técnica de todas las naturalezas existentes de chakra. Uno de ellos es destruido por un Raikiri de Kakashi.

Shikamaru consigue separar a Hidan de Kakuzu, y le engaña para que, usando la sangre de Kakuzu, previamente tomada por Kakashi, acabe con uno de los corazones de su compañero. Tras esto llegan Yamato, Sai, Sakura y Naruto. Shikamaru consigue desmembrar a Hidan y enterrarlo vivo (puesto que no puede morir ni partiéndolo) en un profundo agujero, el cual su familia, como guardiana de ese bosque, se encargaría de vigilar, y así Shikamaru logra ser el único menor capaz de derrotar a un akatsuki por sí mismo. A manos de Naruto, quien ha desarrollado el kage bunshin en un nivel superior al de un ninja normal, Kakuzu termina de ser derrotado por su nueva técnica Fūton: Rasen Shuriken, con la que dos de sus restantes tres corazones son destruidos, dejando asombrados a sus compañeros de equipo en especial a Kakashi, ya que dice que Naruto lo sobrepaso de forma grandiosa, comparándolo con el 4to hokage. A continuación, Kakashi le remata atacando su último corazón con otro Raikiri.

A la vuelta a Konoha, Tsunade informa a Naruto que su nueva técnica le daña incluso a él, y le prohíbe repetirla, Kurenai aparece ante la tumba de Asuma y revela que está embarazada de Asuma.